1993. Creación de la JNC. Cinco Centrales Cooperativas (COCLA, CECOVASA, CAFÉ PERÚ, VRAQUS y CEOACNOR) optan por crear nuevo gremio y llamarlo la Junta Nacional del Café, con la finalidad de:
1) Representación y defensa;
2) Propuesta y negociación de políticas cafetaleras;
3) Prestación de servicios.
Tareas priorizadas: Cafés especiales (CJ, orgánico, otros); Normas de calidad; Incidencia y defensa.
1996. Objetivos estratégicos. En un evento nacional los dirigentes de las cooperativas debatieron y acordaron trabajar en torno a 4 líneas estratégicas:
a) Gestión empresarial eficiente y transparente;
b) Promoción de café de calidad y cafés especiales;
c) Servicios de calidad a los asociados;
d) Alianzas estratégicas con entidades públicas y privadas del país y del exterior.
1998: Incorporación como beneficiarias en la Ley de Amazonía a todas las zonas cafetaleras
2002: Anulación IGV 19 % al acopio y exportación de café (Decreto Amat y León). Ahorro directo 34 millones de dólares para todos los productores cafetaleros del país.
2006: Mediante acciones de alerta, reclamo y negociación, la JNC logra modificar la Resolución SUNAT -234-2005, que establecía un tributo del 1,5% por el valor de venta del café y diversos productos agrarios. La JNC convocó a una movilización nacional para el mes de febrero del 2006.
2007: Las organizaciones de productores cafetaleros participan por primera vez, de forma corporativa y con gran suceso, con un stand propio en la feria de Cafés Especial de la SCAA en EEUU.
2008: Producto Bandera. Después de años de incidencia de la JNC, el gobierno central reconoce la importancia económica y social del sector cafetalero, declarando al café como Producto Bandera (R.M. N° 105-2008-MINCETUR/DM)
2008. Día del Café Peruano. La instauración del “Día del Café Peruano” cada último viernes de Agosto (R.M. N° 0732-2008-AG)
2008. Interés nacional. Tras muchas reuniones y negociaciones de la JNC, el Ministerio de Agricultura declaró de interés nacional la instalación y rehabilitación de plantaciones de café (DS N° 028-2008 AG). Sigue vigente
2009: Se firmó el “Convenio Marco de Cooperación Interinstitucional para la Implementación del Programa de Rejuvenecimiento de Cafetos entre el Ministerio de Agricultura y la Junta Nacional”, el cual facilita la asignación de un fondo de crédito de S/. 30 millones, dirigido a productores organizados de café diferenciado. Desde noviembre del año 2010 AGROBANCO, canaliza estos créditos a las organizaciones cafetaleras que cumplan con las garantías necesarias.
2009. Se firma el Convenio de Cooperación Interinstitucional entre ESSALUD y la JNC para facilitar el acceso a servicios de salud de los productores organizados en los nosocomios de la entidad sanitaria.
2010: Después de varios años de lucha para la promulgación de una nueva ley de cooperativas que reconociera el acto cooperativo, y terminara con la doble tributación a nivel de estas organizaciones, se logró en diciembre del año 2010 que la propuesta de ley del acto cooperativo Proyecto de Ley Nº 3747/2009-CR fuera aprobada por la comisión de economía, banca, finanzas e inteligencia financiera del congreso
2011. Después de muchas postergaciones fue debatida y aprobada por el Congreso de la República, la Ley N° 29683, el 12 de mayo de 2011, de reivindicación del Acto Cooperativo, y finalización de acotaciones abusivas de la autoridad tributaria.
2012: Aprobación de la Ley N°29972 “Ley que promueve la inclusión de los productores agrarios a través de las cooperativas”, permite el ordenamiento contable de la organizaciones con beneficios tributarios
2013: La Junta Nacional del Café se incorpora a PROMECAFE.
2014: La Junta Nacional del Café firma convenio de cooperación con el World Coffee Research.
2017: Junta Nacional del Café asume la vicepresidencia de PROMECAFE.
2018: Se logró incorporar el Art. 10.9 en la Ley 30822 (Ley de cooperativas de Ahorro y Crédito), que excluye a las cooperativas agrarias de la prohibición de recibir depósitos a los recursos financieros o no financieros que los socios entreguen a la cooperativa.